En Puerto Rico el AETC está integrado por la Universidad de Puerto Rico, Recinto de Ciencias Médicas, agencia líder que recibe y administra los fondos y dos agencias subcontratadas para desarrollar los servicios de educación y adiestramiento.  Una de éstas es la Academia de Directores Médicos (ADM) que desarrolla adiestramientos, consultoría y práctica clínica en las áreas de Ponce y Caguas.  La otra es la Universidad de Puerto Rico, Recinto de Mayagüez, que a través del Centro de Enseñanza Complementada con Internet (CECI) desarrolla adiestramientos en línea para los profesionales clínicos.

Los programas educativos que ofrece el AETC incluye educación clínica en donde se presenta la más reciente y actualizada información sobre transmisión, tratamientos y prevención del VIH/SIDA.  La educación se provee a través de variedad de formatos que incluyen talleres, práctica clínica supervisada, mini-residencias.  También provee para la consultoría clínica, ya sea telefónica o en el lugar de trabajo del que consulta.

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