La EEA se estableció originalmente como entidad privada por la Asociación de Productores de Azúcar de Puerto Rico el 10 de agosto de 1910 en una finca de alrededor de 200 cuerdas a la salida de Río Piedras a Caguas. En 1914 fue cedida al Gobierno de Puerto Rico. En virtud de la Resolución Conjunta Núm. 13 del 28 de marzo de 1914, pasó oficialmente al Gobierno Estatal bajo la Junta de Comisionados de Agricultura, designándosele como la Estación Experimental Insular. La EEA fue ampliando gradualmente su programa para incluir otros cultivos de importancia económica, además de la caña de azúcar. Con la aprobación de la Ley Orgánica del 2 de marzo de 1917 se creó el Departamento de Agricultura y Trabajo, y la dirección de la EEA pasó de la Junta de Comisionados de Agricultura al nuevo Comisionado de Agricultura y Trabajo.En 1933 la EEA se transfirió a la Universidad de Puerto Rico en virtud de la Resolución Conjunta Núm. 3 de ese año. Esto se hizo a tenor con la acción del Congreso de los Estados Unidos que en 1931 extendió a Puerto Rico los beneficios de la Ley Hatch de 1887 y de las leyes complementarias que autorizan el establecimiento de las estaciones experimentales agrí-colas como parte de los colegios por concesión de tierras establecidos por la Ley Morill de 1862. En esta forma, la EEA se hizo elegible para formar parte del sistema de estaciones experimentales y participar de su extenso programa de investigaciones en todos los Estados Unidos, y para recibir fondos para investigaciones agrícolas bajo la Ley Hatch y otras leyes federales.
La EEA está integrada programática y administrativamente al Recinto Universitario de Mayagüez (RUM) de la Universidad de Puerto Rico, según se dispone en la Ley Núm. 1 del 20 de enero de 1966, conocida como Ley de la Universidad de Puerto Rico. En virtud de las disposiciones de la Certificación Núm. 13 del Consejo de Educación Superior del 11 de septiembre de 1968, la EEA es parte del Colegio de Ciencias Agrícolas, el que además está compuesto por la Facultad de Ciencias Agrícolas, el Servicio de Extensión Agrícola (SEA) y la Oficina de Programas Internacionales en Agricultura.
