Por Idem Osorio De Jesús (idem.osorio@upr.edu)
Prensa RUM
viernes, 11 de febrero de 2022

Un grupo de investigadores del Recinto Universitario de Mayagüez (RUM) de la Universidad de Puerto Rico (UPR), publicó un artículo en la prestigiosa revista científica PLOS ONE, donde da a conocer un innovador software, desarrollado por el colectivo, que contribuirá a obtener información relevante sobre los genes de enfermedades.

Los estudiantes doctorales en Bioingeniería, Isis Y. Narváez Bandera y Deiver Suárez Gómez, como líderes principales de esta gesta, junto a los catedráticos y asesores: los doctores Clara E. Isaza Brando, del Departamento de Biología, y Mauricio Cabrera Ríos, de Ingeniería Industrial y Bioingeniería, lograron esta importante publicación de su trabajo Multiple Criteria Optimization (MCO): A gene selection deterministic tool in RStudio.

“El artículo describe, ilustra y evalúa un paquete computacional (software) capaz de analizar múltiples experimentos biológicos o microarreglos de manera simultánea, también conocido como meta-análisis, desarrollado en el ambiente RStudio. Este paquete es de libre distribución y tiene el fin de encontrar los genes más importantes en experimentos comparativos de condiciones de salud contra un control. Por ejemplo, dado un experimento con las características indicadas, con este paquete se pueden encontrar los genes que hayan cambiado más su expresión relativa en presencia de una condición. El software hace el análisis bajo características de repetibilidad y objetividad, lo que lo convierte en una contribución original e importante. El caso de estudio con el que se ilustra su utilización ofrece conocimiento nuevo sobre genes importantes de la enfermedad de Parkinson”, explicó el doctor Cabrera Ríos.

El catedrático agradeció la labor de los estudiantes doctorales, quienes estuvieron a cargo de toda la creación y la codificación de este proyecto.

“Me es sumamente grato que Isis y Deiver hayan liderado este esfuerzo que se plasma en el artículo. Han sido muchas horas de trabajo intelectual y de codificación que ahora se ven recompensadas en esta publicación. Como asesores, la doctora Isaza y yo hemos aprendido mucho de ellos y nos sentimos orgullosos de verlos lograr este paso decisivo e importante hacia la meta del grado doctoral. Una publicación con estas características es un espaldarazo al buen trabajo que han desarrollado y a la fortaleza técnica y científica de sus proyectos”, subrayó el también codirector de The Applied Optimization Group del Departamento de Ingeniería Industrial.

Iguales palabras tuvieron Isis y Deiver, quienes cursan su cuarto y quinto año en el programa doctoral de Bioingeniería del RUM, respectivamente.

“Para nosotros es un logro muy importante en nuestra formación como investigadores, dándonos experiencia en el proceso de publicación de una investigación. De la mano de los doctores Isaza y Cabrera, el camino ha sido muy gratificante, ya que ambos son excelentes científicos y mentores, destacando además una gran calidad humana”, expresó Isis, como portavoz también de su colega Deiver.

Por otro lado, el grupo expresó la enorme satisfacción de que se le haya reconocido el mérito de su propuesta en PLOS ONE, plataforma de acceso abierto que busca empoderar a los investigadores para que den a conocer su trabajo de forma inmediata en vías de impulsar el progreso de la ciencia.

“Esta revista representa un estándar para la publicación científica, pues fue la primera en conjuntar una revisión rigurosa por pares, con la característica de que, si el trabajo es aceptado, los autores mantienen la propiedad intelectual y los derechos de libre distribución de sus artículos. Fue pionera, además, en publicar el historial de revisión junto con el artículo para favorecer la transparencia del proceso. Incluso, existe la opción para los revisores para que su nombre aparezca publicado junto con sus comentarios. En efecto, es un logro que nos enorgullece y aporta un grano de arena al prestigio del trabajo de investigación que se lleva a cabo en nuestra institución”, reiteró el doctor Cabrera Ríos.

Según detalló, el proceso de someter el artículo fue sencillo, aunque la evaluación por los pares tomó aproximadamente un año. Resaltó que luego de que el editor recibió los comentarios de los revisores, determinó el potencial del trabajo, una vez se integraran las recomendaciones. Ese periodo de correcciones tomó unos tres meses hasta que el equipo investigativo del RUM envió finalmente la versión actualizada, que recibió el aval para la publicación.

Por su parte, la doctora Isaza también resaltó la enorme satisfacción de haber trabajado junto a los integrantes del colectivo interdisciplinario en un proyecto de tan alta envergadura que logra analizar los resultados de grandes bases de datos, lo que representa un reto en experimentos biológicos.

“El estudio que presentamos provee una herramienta de análisis de datos, que permite extraer información biológicamente relevante. Es un ejemplo de descubrimiento guiado por datos; es una herramienta que permite analizar bases de datos de forma individual o simultánea, sin hacer ningún supuesto a priori, permitiendo que los resultados del análisis sean los que guíen la interpretación biológica. Esta herramienta y la demostración de su utilidad, son ejemplos de colaboración entre diferentes disciplinas, donde diferentes áreas del conocimiento aportan para contestar una pregunta de investigación”, afirmó la catedrática.

Próximamente, tanto Isis como Deiver, aspiran a publicar un segundo artículo con las ampliaciones y actualizaciones realizadas a la herramienta. En adelante, ambos vislumbran completar su grado doctoral.

“A largo plazo, nuestra meta es seguir profundizando en esta misma línea de investigación (bioinformática), de tal manera que podamos contribuir significativamente en el campo y seguir llevando en alto el nombre de nuestra institución”, puntualizó Isis.

El artículo íntegro, publicado el pasado 27 de enero de 2022, se encuentra en el siguiente enlace de PLOS ONE.